1799. Le port japonais de Dejima, près de Nagasaki, est la base d'échanges de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales. Jacob de Zoet, jeune clerc ambitieux, y est envoyé pour redresser les finances troubles de la Compagnie. Il est vite désemparé face à la corruption ambiante. Il croit trouver refuge auprès d'Orito, une japonaise au visage partiellement brûlé. Mais Orito est enlevée puis emprisonnée dans le mystérieux temple Shiranui, dirigé par l'abbé Enomoto. Il garde captives douze femmes dont il fait ses esclaves sexuelles. Uzaemon, interprète de Jacob lui aussi épris d'Orito, part à la recherche de la jeune femme avec deux samouraïs.