Black est un garçon un peu étrange qui rêve de battre la ligue et de devenir le nouveau champion des dresseurs Pokémon. Avec ses Pokémon Munna et Gruikui, il rencontre White, une jeune fille agent pour les Pokémon stars. Elle tente d'embaucher Black dans sa société. Une organisation du nom de Ginga lutte contre l'exploitation des Pokémon par l'homme...